不再以写作为寄托，他热心于植物标本。在英国武通时，邻人罗宾逊（Owd James Robinson）、农夫伯顿（Burton）和苏尔特（Salt）小姐注意到他每天外出散步，回来时带一大把植物。[271]英国早期浪漫派布斯比是德比郡人，既是卢梭的朋友，也是其敬仰者，他同样观察到，卢梭每天穿着亚美尼亚族的长袍上山采标本。[272]回法国后，他在巴黎北郊的克里希（Clichy）隐居，只关心植物学，“没人问起他，没人拜访他，没人谈起他，命运剧变，几乎比任何人的经历都突然”[273]。1767年10月，沃波尔从法国返回英国后将这一情况转告休谟，以示安慰，沃波尔以之为“惨境”的却是卢梭刻意追求的。1768年6月27日，《秘密回忆报》报道：“他一天到晚采集标本，对外联系少，不说话，不写东西，特蕾兹对外人说她的丈夫烧了《忏悔录》的草稿。”不久，他又去多菲内（Dauphine）山脉和阿尔卑斯山脉采集，1770年7月22日，在朋友帮助下进入凡尔赛宫的国王花园。[274]